Loading…

Bisnis Online Modal 10ribu Hasil Jutaan Klik DISINI

MAS (Marker Assisted Selection)

Apa itu MAS ??? MAS (Marker Assisted Selection) yaitu proses seleksi tidak langsung pada sifat yang ingin diseleksi dan juga merupakan alat untuk menduga dan membantu seleksi penotipe sifat yang menjadi target pemuliaan dengan menggunakan penanda yang terkait dengan sifat tersebut.

Kelebihan penggunaan MAS yaitu jumlah benih, bibit, dan galur yang dibutuhkan dalam pengujian dapat dikurangi, karena banyak yang sudah tidak terpilih setelah seleksi. Selain itu penggunaan MAS akan menghemat waktu dan tenaga kerja, karena tidak harus menunggu tanaman tumbuh besar dan DNA yang digunakan tidak dipengaruhi oleh lingkungan.

fia 2

Beberapa penanda DNA yang dapat digunakan adalah

  1. RFLP (Retriction Fragment Length Polymorphism)

RFLP merupakan teknik molekular yang didasarkan pada tingkat polimorfisme yang diakibatkan oleh adanya substitusi basa, insersi, dilesi, ataupun translokasi yang kemungkinan terjadi pada masa lalu. RFLP sangat bermanfaat untuk menganalisis bagian DNA yang lebih beragam dan tidak terbatas. Keuntungan dari penanda RFLP yaitu pada umumnya bersifat co-dominan (alel-alel dalam sampel heterozigot dapat terdeteksi), dan sangat spesifik selain itu, teknik ini juga memiliki kelemahan yaitu membutuhkan waktu lama, mahal, dan memerlukan jaringan tanaman yang banyak.

  1. RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

RAPD merupakan salah satu penanda DNA yang banyak digunakan karena penanda ini tidak membutuhkan latar belakang pengetahuan tentang genom yang akan dianalisis, dan primer yang digunakan bersifat universal serta biayanya juga lebih murah dibandingkan penanda lainnya. Kekurangannya penanda RAPD adalah penanda ini tidak bisa membedakan individu homozigot dan heterozigot karena penanda ini bersifat dominan dan reproduksibilitas yang rendah.

  1. AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism)

AFLP merupakan gabungan antara teknik RFLP dan RAPD yang dapat digunakan untuk penelitian genetika, praktik dalam rekayasa genetika, dan sidik jari DNA. AFLP adalah teknik penanda DNA yang sangat sensitif dan bisa diandalkan untuk mengenali perubahan genom spesifik akibat budidaya in vitro serta mengidentifikasi perbedaan kecil genotipe. Kelebihan penanda ini adalah tidak memerlukan informasi sekuen dari genom dan bisa diaplikasikan pada semua jenis tanaman, memiliki efisiensi yang tinggi dalam pemeltaan lokus, hasil amplifikasinya stabil. Kekurangannya yaitu AFLP memerlukan banyak optimasi dan relatif lebih mahal dibanding RAPD dan cara aplikasinya lebih rumit serta membutuhkan waktu yang lama. Teknik ini juga membutuhkan kualitas DNA yang sangat bagus yang sangat sulit didapatkan pada tanaman tertentu.

  1. Penanda Microsatellite (Simple Sequnce Repeat)

Simple sequence repeat (SSR) adalah kelas terkecil dari sekuen berulang. Penanda ini memberikan kandungan informasi yang tinggi pada umumnya single lokus, bersifat kodominan, membutuhkan jumlah DNA yang sangat sedikit, relatif sederhana, dan deteksi yang didasarkan pada PCR menandakan bahwa SSR merupakan alat ideal untuk banyak aplikasi genetika. Mikrosatelit DNA telah digunakan juga untuk pemetaan gen berkaitan dan analisis Quantitative Trait Loci (QTL). Berbeda dengan kebanyakan teknik molekuler berbasis PCR yang menggunakan primer acak atau tidak spesifik, penanda yang berbasis microsatellite memiliki target urutan DNA tertentu. Microsatellite terdiri dari pengulangan susunan DNA pendek dan tersebar berulang pada semua eukariot sama seperti pada prokariot. Teknik penanda microsatellite menggunakan keragaman intra/interindividu pada daerah microsatellite atau simple sequence repeat untuk analisis sidik jari. Kelbihan darii penanda ini adalah kebanyakan markernya monolokus dan dan mengikuti pewarisan hukum mendel dan Jika dibandingkan dengan AFLP atau RFLP, penanda microsatellite seperti ISSR lebih efisien biaya, tidak menggunakan radioaktif, dan memerlukan konsentrasi DNA yang sedikit. Penanda ini juga mampu diulangi, bersifat kodominan, mampu menjangkau keragaman alel yang sangat besar. Kelemahan penanda ini adalah pengembangan primer yang memerlukan waktu lama.

  1. SNP (Single Nucleotide Polymorphism)

Penanda SNP (Single nucleotide polymorphism) bisa dikategorikan sebagai markah generasi ketiga. Penanda ini merupakan mutasi titik dimana satu nukleotida disubtitusi oleh nukleotida lain pada loku tertentu. Teknologi SNP sangat tergantung dari keberadaan data urutan basa DNA). Keragaman urutan basa DNA bisa mengkaji perbedaan antara individu, kultivar, maupun subspecies tanaman. SNP menjadi penanda genetik yang sangat penting karena bersifat sangat stabil, memiliki rasio mutasi yang sangat rendah, serta bisa digandakan melalui metode PCR. Kelemahan penanda ini yaitu memerlukan informasi sekuen untuk suatu gen yang menjadi target analisis serta memerlukan biaya yang tinggi.

sekian artikel hari ini, selamat membaca dan semoga bermanfaat ^;^

salam rita elfianis

Ritaelfianis.com - Berbagi Ilmu dan Pengalaman © 2017 rita test